Ende 2003 wurde die zweite The Amazing Spider-Man Serie auf die alte Nummerierung zurück gesetzt. Dazu zählte man die #441 Ausgaben der ersten Serie mit den bisherigen #58 Ausgaben der zweiten Serie zusammen. Pünktlich zum 40 Jubiläum kehrt Spider-Man zur alten Nummerierung zurück.
Geprägt waren die kommenden Ausgaben von J.M. Straczynski's Run, dem Civil War und der Enthüllung von Spider-Mans Geheimidentität, der Story One More Day die alles veränderte.
Im Anschluß übernahm Dan Slott die Serie Amazing Spider-Man, die er mehr als 10 Jahre prägt bis Amazing Spider-Man (2015) #800
Die Serie The Amazing Spider-Man (vol.1) wurde mit der #441 (November 1998) eingestellt, im Zuge der Folgen der Storyline "The Final Chapter" und der Rückkehr von Green Goblin.
Im dem Zug wurden auch alle anderen Spider-Man Serien (The Spectacular Spider-Man, Sensational Spider-Man & Spider-Man) eingestellt.
Im Januar 1999 gingen mit neuen Autoren und Zeichnern neue Spider-Man Serien an den Start.
Es dauerte nicht lange, bis The Amazing Spider-Man (1999) #30 [471] (Juni 2001) und man führte eine doppelte Nummerierung ein, was dann pünktlich zum Jubiläum dazu führte das man zur alten Nummerierung zurückkehrte.